由鴨綠江上游國家級自然保護區(qū)管理局管理。1996年建立冷水魚類省級自然保護區(qū),2003年晉升為鴨綠江上游國家級自然保護區(qū)。保護對象為冷水魚類。保護區(qū)總面積2.0306平方千米,分為3個核心區(qū)、1個緩沖區(qū)和1個實驗區(qū)。核心區(qū)面積為0.88平方千米,占保護區(qū)總面積的43%;緩沖區(qū)面積為0.6806平方千米,占保護區(qū)總面積的34%;實驗區(qū)面積為0.47平方千米,占保護區(qū)總面積的23%。屬北溫帶大陸性季風濕潤氣候,年均氣溫2.1℃,極端最高氣溫33.2℃,極端最低氣溫﹣36.3℃。年均降水量850毫米,年均蒸發(fā)量1107毫米。多年平均風速2.4米/秒,最大風速34米/秒。多年平均日照時數(shù)2443小時。
吉林鴨綠江上游國家級自然保護區(qū)東西寬9.6公里,南北長32.9公里,總面積20306公頃。北與長白山自然保護區(qū)接壤,南至中朝界河鴨綠江右岸,東與十六道溝河東的馬鹿溝鎮(zhèn)、金華鄉(xiāng)相接,西鄰十五道溝河西的十四道溝鎮(zhèn)。
保護區(qū)包括鴨綠江上游一級支流十五道溝河、十六道溝河全部流域,其中有馬鹿溝鎮(zhèn)、十四道溝鎮(zhèn)、金華鄉(xiāng)的部分土地和村屯,兩個縣辦電廠。根據(jù)長白縣人民政府的決定,保護區(qū)內(nèi)土地權(quán)屬保護區(qū)所有。
結(jié)合保護區(qū)內(nèi)的生態(tài)環(huán)境和冷水性魚類及其棲息條件,按功能要求將保護區(qū)劃分為3個核心區(qū)、1個緩沖區(qū)和1個實驗區(qū)。核心區(qū)面積為8800公頃,占保護區(qū)總面積的43%;緩沖區(qū)面積為6806公頃,占保護區(qū)總面積的34%;實驗區(qū)面積為4700公頃,占保護區(qū)總面積的23%。
保護區(qū)植物區(qū)系以長白山植物區(qū)系為主。共有高等植物就有73科208屬305種。由各類植物組成不同的植被類型,其地帶性植被是紅松為主的針闊混交林,各植被類型隨著山地海拔高度的變化和氣候帶的影響,呈明顯的垂直分帶現(xiàn)象。保護區(qū)內(nèi)共有高等動物147種,其中屬國家重點保護的有25種,占總數(shù)的17%。保護區(qū)是全國主要冷水性魚類的天然物種種質(zhì)資源庫,冷水性魚類物種豐富,共有魚類4目6科14種,其中冷水魚類有5種,分別為細鱗魚、石川氏哲羅魚、花羔紅點鮭、鴨綠江茴魚和東北七鰓鰻。有國家Ⅱ級重點保護動物1種,即細鱗魚;《中國東北地區(qū)珍稀瀕危動物志》收錄種4種,包括石川氏哲羅魚、花羔紅點鮭、鴨綠江茴魚和東北七鰓鰻。其中石川氏哲羅魚、鴨綠江茴魚是鴨綠江上游支流的特有魚種。另有兩棲類動物2目4科5種,瀕危種包括東北小鯢、中國林蛙;有鳥類37科96種,占長白山鳥類種數(shù)的35.8%,其中國家級重點保護鳥類有16種,包括黑鸛、中華秋沙鴨、黑琴雞和長尾林鸮等;有哺乳類6目14科27種,占長白山哺乳類動物種數(shù)的41.8%,其中國家Ⅰ、Ⅱ級重點保護動物有紫貂、東北棕熊、東北黑熊、水獺、原麝等。
吉林省水利廳于2004年10月組建了吉林鴨綠江上游國家級自然保護區(qū)管理局領導班子。11月,吉林鴨綠江上游國家級自然保護區(qū)管理局正式開展工作。