遺址中心部分面積為6萬平方米,外緣面積12萬平方米,是一處較大型的遺址。遺址東2公里為古老的泗河,遺址北側(cè)有一條古河道。中國社會科學(xué)院考古研究所對此遺址共進行了7次發(fā)掘,揭露面積10180平方米,發(fā)掘出新石器時代墓葬899座,房址14座,灰坑423座。除大量石、陶、骨、玉、蚌、牙、角質(zhì)器物外,還出土了不少的動物遺骸等。
王因遺址分為五層,二至四層為大汶口文化早期地層,第五層為北辛文化晚期地層。王因遺址墓葬全部出在大汶口文化地層中,葬式以仰身直肢葬為主,合葬和二次合葬占一定比例,側(cè)身和曲肢葬為數(shù)較少。
王因遺址墓葬區(qū)是全國大的史前墓地之一和發(fā)現(xiàn)墓葬氏族公共墓地。王因遺址的發(fā)掘以墓葬區(qū)為主,尚有大面積的生活區(qū)保存完整。王因遺址中出土的生產(chǎn)工具、生活用具、墓葬隨葬品以及亞熱帶動物遺骸,為研究史前生活習(xí)俗、埋葬方式、人類體質(zhì)特征和史前環(huán)境提供了重要的實物資料。王因遺址所反映出來的大汶口文化和北辛文化,從而對確立兩種文化的傳承關(guān)系,提供了非常關(guān)鍵的地層依據(jù)。王因遺址的發(fā)掘資料由中國社會科學(xué)院考古研究所編著為《山東王因》考古專著,并由科學(xué)出版社出版發(fā)行。