維管束植物有54科107屬134種,其中紅樹植物有5科7屬10種。植被類型有紅樹林、濱海鹽沼、濱海沙生植被3個植被型,秋茄林、秋茄+桐花樹林、蘆葦鹽沼、短葉茳芏鹽沼、互花米草鹽沼、苦郎樹群落、雞矢藤群落等7個群系。分布面積廣大的紅樹植物是主要植物資源。
野生脊椎動物有21目54科212種,其中獸類3目3科6種、鳥類16目40科181種、爬行類1目6 科17種、兩棲類1目5科8種。列入國家重點保護的野生動物有卷羽鵜鶘、褐鰹鳥、海鸕鶿、黃嘴白鷺、黑臉琵鷺、黑翅鳶、普通鵟、鶚、小杓鷸、小青腳鷸、褐翅鴉鵑、草鸮等29種。其中屬中日兩國政府協(xié)定保護候鳥有96種,中澳兩國政府協(xié)定保護候鳥有52種。此外,保護區(qū)還有眾多的水生生物資源,包括潮間帶生物231種、浮游植物93種、浮游動物60種、魚類129種、甲殼類36種。
該區(qū)位于福建省東南部的九龍江入???,位于東經(jīng)117°51′——118°00′,北緯24°20′—24°29′。保護區(qū)范圍包括了浮宮鎮(zhèn)的海山村、霞威村、埔里村、田頭村、霞郭村;東園鎮(zhèn)的秋租村、田厝村、鳳鳴村;海澄鎮(zhèn)的埭新村、玉枕村、大成農(nóng)場;紫泥鎮(zhèn)的甘文農(nóng)場、軍墾農(nóng)場;角美鎮(zhèn)的橋頭村、金山村、白礁村,分布在龍海市的5個鄉(xiāng)鎮(zhèn)的13個行政村,2個鎮(zhèn)辦農(nóng)場和一個軍墾農(nóng)場。
保護區(qū)屬南亞熱帶海洋性季風氣候,暖熱濕潤,雨量充沛,干、濕季分明,多年平均氣溫21.1℃,無霜期328天,年日照時數(shù)為2223.82小時,年均有霧日數(shù)14天,年降水量1371.9毫升,降水多在4~9月。年平均4次臺風。
九龍江河口濕地是九龍江流域多年沉積形成的大片灘涂,區(qū)內(nèi)土壤主要是濱海鹽土。九龍江是北溪和西溪兩個河系的共稱。九龍江河口上段分為北港、中港和南港。下段是咸水區(qū)域,鹽度相對比較高,保護區(qū)的甘文位于北港和中港匯流處,大涂洲位于南港出口與海門島之間,浮宮片位于南港與南溪匯流處,三片都屬于海水和淡水交匯區(qū)域。九龍江河口屬徑流與潮流相互作用的強潮海區(qū)。九龍江河口灣泥沙主要來源于河流輸沙和潮流輸沙,年平均輸沙量為246.1萬噸。由于大量泥沙入海,九龍江灘涂面積平均每年增加1.8k平方千米。
1988年經(jīng)福建省人民政府批準為省級自然保護區(qū)。
2001年經(jīng)龍海市編辦批準,保護區(qū)名稱變更為龍海九龍江口紅樹林省級自然保護區(qū)管理處。
2006年12月綜合考慮紅樹林資源保護與地方經(jīng)濟發(fā)展的現(xiàn)實需要,經(jīng)省政府批準,保護區(qū)進行了范圍調(diào)整,并重新確定界限和功能區(qū)劃分,保護區(qū)面積擴大到420.2公頃,由甘文片、大涂洲片和浮宮片三個部分組成。
保護區(qū)獨特的地理位置和豐富的生物多樣性,長期以來受到了廈門大學、國家海洋三所等有關高等院校、科研機構(gòu)和專家學者的關注,開展了多方面的科學考察與交流活動,取得許多研究成果。截至2011年,共接待前來考察、研究、教學實習的專家、學者、大中專學生及青少年夏令營近5000人次,并成為廈門大學重要的教學基地,發(fā)揮了自然保護區(qū)作為科研、科教培訓和科普基地的功能和作用。