南通境內成陸最早的西北部為揚泰崗地外緣，5000多年前就有人類生息繁衍、南北朝時期，今南通市區(qū)一帶逐漸漲沙成洲，稱胡逗洲。唐代，胡逗洲得到開發(fā)。宋天圣元年（1023年）通州改名為崇州，又稱崇川，隸屬于淮南東路。1949年10月，南通專區(qū)隸屬蘇北行政公署，下轄如東、南通、海門、啟東、崇明5縣和南通市。1953年1月起，江蘇復省，南通市為省轄市，同時建有南通區(qū)（1953年4月起改稱“南通專區(qū)”。1978年7月改“南通專區(qū)”為“南通地區(qū)”）。其中“南通市”管轄城區(qū)、郊區(qū)。南通專區(qū)或南通地區(qū)管轄海安、如皋、如東、南通、海門、啟東、崇明7縣（其中崇明縣于1958年11月劃歸上海市）。1983年3月，國務院決定，改南通地區(qū)為南通市，原地區(qū)行署所轄6縣由南通市領導，實行市管縣體制。

截至2023年12月31日，南通市轄3個區(qū)（崇川區(qū)、通州區(qū)、海門區(qū)）、3個縣級市（啟東市、如皋市、海安市）、1個縣（如東縣）。