元世祖至元年間(1282-1294年),天妃廟始建。
泰定三年(1326年),重建天妃廟,時稱東廟。
明萬歷六年(1578年),天妃靈慈宮重修。
清代,天妃靈慈宮數(shù)次修葺。
清光緒二十六年(1900年),天妃靈慈宮毀于庚子戰(zhàn)爭。
光緒三十一年(1905年),復(fù)建天妃宮大殿3間。
1950年以后,天妃宮逐漸成為遺址。
1987年,天津市文物普查,對天妃宮遺址登記造冊并存于天津市文化局文物處和河?xùn)|區(qū)文化局。
1998年12月-1999年1月,天津市非物質(zhì)文化遺產(chǎn)保護中心對天妃宮遺址進行考古發(fā)掘。
2000年9月,中華人民共和國國家文物局專家組對天妃宮遺址進行鑒定,確認大直沽是天津歷史文化的原生點,天妃宮是該原生點的重要標(biāo)志之一。
2001年,天津市人民政府做出了在天妃宮原址上建立元明清天妃宮遺址博物館的決定;同年8月10 日,元明清天妃宮遺址博物館正式開工修建。
2002年,在天妃宮原址上興建的元明清天妃宮遺址博物館正式開館。
天妃宮遺址位于天津市河?xùn)|區(qū)大直沽中路,坐落在古文化街中心處三岔口西岸,坐西朝東,面向海河,與天津衛(wèi)城東門外三岔口海河西岸的天后宮,東西相望,成為海運和內(nèi)河漕運的交匯點,占地面積5800平方米,建筑面積3000平方米,有大殿、后殿、東西配殿、二門、山門、戲樓等建筑。
1997年9月至10月,在天妃宮遺址范圍內(nèi)相繼發(fā)現(xiàn)了明代重修敕建靈慈宮天妃碑記殘石質(zhì)碑首,碑高2.6米,寬0.9米,13行,行40字,正書,上有重修敕建4個殘字和龍紋,并發(fā)現(xiàn)了石質(zhì)龜形碑座。1998年12月-1999年1月,天妃宮遺址出土了元代藍色琉璃筒瓦、明代綠色琉璃筒瓦和清代脊飾筒瓦等元、明、清建筑構(gòu)件和生活用品。
2002年,在天妃宮原址上興建的元明清天妃宮遺址博物館正式開館,陳列由4個部分組成:第一部分“浩瀚的海洋”,講述了中國古代先民對于海洋的認識和利用;第二部分“神氣的媽祖”,講述了媽祖崇拜的產(chǎn)生、演變和流傳;第三部分“海與河的城市”,講述了天津古代城市的形成、發(fā)展和海洋的關(guān)系;第四部分“永恒的遺址”,講述了天妃宮遺址的考古發(fā)掘。
2006年5月25日,天妃宮遺址被中華人民共和國國務(wù)院公布為第六批全國重點文物保護單位。
2017年,元明清天妃宮遺址博物館聯(lián)合天津地區(qū)其他博物館在征詢專家意見后,從天妃宮遺址出土文物中篩選出189件(套)西周至清代時期的金屬文物器進行保護修復(fù)。
天妃宮遺址是中國海上漕運發(fā)達的重要遺存,是天津城市原生點的標(biāo)志,對研究中國海上漕運、天津港口文化和天津城市胚胎的早期聚落具有重要價值。
元定都大都(北京)后,為解決大都的糧食供應(yīng)問題,開辟了東南沿海到直沽的漕運,東南沿海的糧食等物資源源不斷地運往大都;為了保證海上航行的安全,元政府于元世祖至元年間(1282-1294年)在大直沽修建了天妃靈慈宮,這是中國北方地區(qū)年代較早的媽祖廟,與福建湄州媽祖廟、臺灣北港朝天宮并稱為中國三大媽祖廟。